虽然战争还没有结束，但是成立临时政府暂时冲淡了战争造成的影响。
从某种意义上讲，在危地马拉成立临时政府要比击败军人独裁政权更加困难，从一开始就举步唯艰。
关键就是，这个临时政府应该由谁说了算。
虽然中国当局早已宣称，临时政府只是过渡政权，在彻底消灭了军人独裁政权，结束了内战之后，将在危地马拉举行全国大选，建立民主政权，但是任何人都知道，谁控制了临时政府，谁就能在将来的大选中拔得头筹。
这下，问题就出来了。
流亡政权理所当然的认为，做为民选政府，理应出面组建临时政府，并且代表危地马拉参与国际活动。游击队则认为，流亡政权早已名存实亡，而且根本没有为危地马拉人民争取民主的斗争贡献力量，也就无权组建临时政府，而一直在与军人独裁政权抗争的游击队才是危地马拉的合法继承者。
显然，这也成为了中国在这场战争中遇到的第一个麻烦。
所幸的是，在战争爆发之前，中国当局就已经预料到了可能遇到的麻烦，并且为此做好了准备。
八月十五日，在游击队代表全数到达后，中国特使姜子豪在危地马拉城召开了组建临时政府的第一次会议。
在这次由五名游击队代表、三名流亡政权代表参与的会议上，姜子豪提出。临时政府将是一个联合政府，游击队与流亡政权都将获得应有的席位，双方将共同管理危地马拉，直到民选政府诞生。
当然，一次会议肯定无法解决所有问题。
接下来，自然是漫长的谈判。
这个时候，全世界都在关注危地马拉城里的谈判。关注这个由中国扶持、即将诞生的国家政权。
只是，没有多少人对其抱希望。
虽然游击队与流亡政权同根同源，由被卡斯特罗推翻的民选政府产生。但是两者选择了不同的反抗道路，几乎行同水火。
游击队的主体是危地马拉前国防军的军人，而且五支游击队的指挥官都是高级军官。在前国防军里享有崇高的地位。流亡政权的主体是民选政府的文职官员，而且主要领袖都是前政权的高官。
在卡斯特罗的军队再次攻占危地马拉城的时候，大部分国防军军人退入丛林，开始与独裁者进行军事斗争。相比之下，民选政府的高官就没有这么强大的勇气了，除了少数留下来赴死的官员之外，大部分都逃亡海外。
显然，在政府官员流亡海外、军人留下来抗争的问题上，游击队与流亡政权存在严重分歧。
在游击队员眼里，那些逃亡海外的官员都是懦夫。背叛了他们当初对民众许下的承诺。
同样的道理，在流亡政权的官员眼里，游击队里的军人都是莽汉，认为他们所做的抵抗对推翻军人独裁政权没有半点帮助。
这还不是最严重的问题。
在此后的数年里，游击队与流亡政权的矛盾愈演愈烈。
主要就是。游击队想要在抵抗卡斯特罗的战争中取胜，少不了国际社会的支持，而能够争取到国际社会支持的只有流亡政权。可惜的是，流亡政权在巴拿马的日子并不好过，并没有为游击队争取到多少支持。更要命的是，流亡政权的一些举动。甚至对游击队的生存构成了严重威胁。
比如在一九六四年秋，三支规模最大的游击队准备联合行动，袭击埃尔普罗格雷索附近的政府军，然后夺取从巴里奥斯港运往危地马拉城的物资，特别是由墨西哥提供给政府军的数万吨弹药。可惜的是，在行动开始之前，一名负责提供情报援助的流亡政权官员叛变，把游击队的行动计划出卖给了卡斯特罗，而三支游击队在这次注定要失败的袭击中损失了将近五百名游击队员。
当然，这样的事情并不少见。
在中国出兵危地马拉之前，至少有二十三名流亡政权官员背叛，有的投靠了卡斯特罗的军人独裁政府，有的则把情报出售给墨西哥、或者是德意志第二帝国的情报官员，有的则去了邦联美国。
这些事情，让游击队不再信任流亡政权。
更重要的是，游击队的绝大部分成员都认为，流亡政权根本没有资格成为危地马拉的合法代表，甚至拒绝让他们回国。
不可否认，危地马拉流亡政权存在很多问题。
只是，同样不可否认的是，流亡政权是唯一能够代表危地马拉的合法政权，其政治地位在游击队之上。
原因很简单，流亡政权是民主选举产生的，在被推翻之前得到了众多国家承认。
即便中国当局并没有打算让流亡政权直接统治危地马拉，但是在过渡时期，流亡政权仍然是合法的代言人。
只是，缺少了游击队的支持，流亡政权在危地马拉根本站不住脚跟。
更重要的是，军人独裁政府还没有被推翻，大半个危地马拉依然在卡斯特罗家族的掌控之中，而中国出兵的理由就是推翻卡斯特罗家族的军人独裁统治，结束在危地马拉已经持续了十多年的战乱与人道主义灾难。也就是说，在推翻卡斯特罗家族的独裁统治之前，中国没有理由在危地马拉树立另外一个敌人。
结果就是，必须撮合